Một trong các đạo luật chính thức đầu tiên của Quốc hội Hàn Quốc là thông qua Đạo luật Phản quốc vào năm 1948, cùng với các biện khác để phi pháp hóa Đảng Lao động Nam Triều Tiên.[23] Trong gần năm mươi năm sau khởi nghĩa, người Hàn Quốc sẽ bị trừng phạt bằng cách đánh dập, tra tấn và án tù dài hạn nếu đề cập đến sự kiện khởi nghĩa Jeju.[1] Sự kiện hầu như bị chính phù lờ đi. Năm 1992, chính phủ của Tổng thống Roh Tae Woo niêm phong một động trên núi Halla, là nơi phát hiện các hài cốt của các nạn nhân bị tàn sát.[21]

Tháng 10 năm 2003, Tổng thống Roh Moo-hyun tạ lỗi với nhân dân Jeju vì đàn áp tàn bạo khởi nghĩa, phát biểu rằng "Do các quyết định phi pháp của chính phủ, nhiều cư dân vô tội của Jeju phải chịu nhiều thương vong và nhà cửa bị tàn phá."[11] Roh Moo-hyun có lời xin lỗi đầu tiên với tư cách tổng thống Hàn Quốc về tàn sát năm 1948.[11] Trong tháng 3 năm 2009, Ủy ban Chỉnh lý việc quá khứ xác nhận phát hiện rằng "Ít nhất 20.000 người bị giam cầm do tham gia khởi nghĩa quần chúng tại Jeju, Yeosu và Suncheon, hoặc bị cáo buộc là phần tử cộng sản, bị tàn sát trong khoảng 20 nhà tù trên toàn quốc," khi Chiến tranh Triều Tiên bùng phát.[24]

Ủy ban báo cáo có 14.373 nạn nhân, 86% dưới bàn tay của lực lượng an ninh và 13,9% dưới bàn tay của phiến quân, và ước tính rằng tổng số thiệt mạng cao đến 30.000 người.[25] Khoảng 70% trong số 230 làng trên đảo bị đốt trụi và trên 39.000 ngôi nhà bị phá hủy.[1] Trong số 400 làng trước khởi nghĩa chỉ 170 là còn lại.[11] Năm 2008, thi thể của các nạn nhân bị tàn sát được phát hiện trong một ngôi mộ tập thể gần Sân bay quốc tế Jeju.[11]